Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

在linux系统中 echo命令是什么意思？用什么作用？

echo命令的意思是在显示器上显示一段文字，起到提示的作用。

该命令的常规格式为：echo [-n]字符串

选项n表示没有换行符的输出； 该字符串可以带引号或不带引号。 使用echo命令输出带引号的字符串时，请按原样输出该字符串； 当使用echo命令输出未加引号的字符串时，请将字符串中的每个单词作为字符串输出，并用每个字符串之间的空格分隔。

扩展资料：

linux echo命令在shell编程中经常使用，并且在终端下打印变量值时也经常使用。

echo命令的功能说明：显示文字。

语言语法：echo [-ne] [string]或echo [--help] [-version]。

附加说明：echo将输入字符串发送到标准输出。 输出字符串由空格字符分隔，并在末尾添加换行符。

参数：-n 不要在末尾换行。

Linux 编辑文本命令

一、vi编辑器有3种基本工作模式

分别是：命令模式、文本输入模式、和末行模式。

第一：命令行模式：

该模式是进入vi编辑器后的默认模式。任何时候，不管用户处于何种模式，按下ESC键即可进入命令模式。在该模式下，用户可以输入vi命令，用户管理自己的文档。此时从键盘上输入的任何字符都被当作编辑命令来解释。若输入的字符是合法的vi命令，则vi在接受用户命令之后完成相应的动作。但需要注意的是，所输入的命令并不回显在屏幕上。若输入的字符不是vi命令，vi会响铃报警。

第二：文本输入模式：

在命令模式下输入命令i、附加命令a、打开命令o、修改命令c、取代命令r或替换命令s都可以进入文本输入模式。在该模式下，用户输入的任何字符都被vi当作文件内容保护起来，并将其显示在屏幕上。在文本输入过程中，若想回到命令模式下，按ESC键即可。

第三：末行模式：

末行模式也称ex转义模式。在命令模式下，用户按“：”键即可进入末行模式下，此时vi会在显示窗口的最后一行（通常也是屏幕的最后一行）显示一个“：”作为末行模式的说明符，等待用户输入命令。多数文件管理命令都是在此模式下执行的（如把编辑缓冲区的内容写到文件中等）。末行命令在执行完后，vi自动回到命令模式。如果要从命令模式转换到编辑模式，可以键入a或者i。如果需要从文本模式返回，则按ESC即可。在命令模式下输入“:”即可切换到末行模式，然后输入命令。

实例演示

首先我们使用命令 vi filename 打开一个文件，这个时候进入到的是命令模式

接下来我们按i，然后键盘随便输入写内容。

然后按ESC重新进入到命令模式。

在命令模式的情况下，我们按：，进入到了末行模式。

我们输入wq!，然后回车，强行保存退出。

下次我们再打开对应文件（可用less filename命令打开），即可看到内容已经更改。

补充：

（1）末行模式下：q! 【强制退出不保存】 q【退出不保存】 wq【退出并保存后面也可以加个！】

（2）如果你不想保存直接退出有可以在命令模式下使用“ctrl+z”快捷键或者按住“shift”键，输入两个z即可退出。

更多命令

进入vi的命令：

vi filename :打开或新建文件，并将光标置于第一行首

vi +n filename ：打开文件，并将光标置于第n行首

vi + filename ：打开文件，并将光标置于最后一行首

vi +/pattern filename：打开文件，并将光标置于第一个与pattern匹配的串处

vi -r filename ：在上次正用vi编辑时发生系统崩溃，恢复filename

vi filename….filename ：打开多个文件，依次进行编辑

屏幕翻滚类命令：

Ctrl+u：向文件首翻半屏

Ctrl+d：向文件尾翻半屏

Ctrl+f：向文件尾翻一屏

Ctrl＋b；向文件首翻一屏

nz：将第n行滚至屏幕顶部，不指定n时将当前行滚至屏幕顶部。

插入文本类命令：

i ：在光标前

I ：在当前行首

a：光标后

A：在当前行尾

o：在当前行之下新开一行

O：在当前行之上新开一行

r：替换当前字符

R：替换当前字符及其后的字符，直至按ESC键

s：从当前光标位置处开始，以输入的文本替代指定数目的字符

S：删除指定数目的行，并以所输入文本代替之

ncw或nCW：修改指定数目的字

nCC：修改指定数目的行

删除命令：

ndw或ndW：删除光标处开始及其后的n-1个字

do：删至行首

d$：删至行尾

ndd：删除当前行及其后n-1行

x或X：删除一个字符，x删除光标后的，而X删除光标前的

Ctrl+u：删除输入方式下所输入的文本

搜索及替换命令：

/pattern：从光标开始处向文件尾搜索pattern

?pattern：从光标开始处向文件首搜索pattern

n：在同一方向重复上一次搜索命令

N：在反方向上重复上一次搜索命令

：s/p1/p2/g：将当前行中所有p1均用p2替代

：n1,n2s/p1/p2/g：将第n1至n2行中所有p1均用p2替代

：g/p1/s//p2/g：将文件中所有p1均用p2替换

撤销回退命令：

u 撤销上一步的操作

Ctrl+r 恢复上一步被撤销的操作

选项设置：

all：列出所有选项设置情况

term：设置终端类型

ignorance：在搜索中忽略大小写

list：显示制表位(Ctrl+I)和行尾标志（$)

number：显示行号

report：显示由面向行的命令修改过的数目

terse：显示简短的警告信息

warn：在转到别的文件时若没保存当前文件则显示NO write信息

nomagic：允许在搜索模式中，使用前面不带“\”的特殊字符

nowrapscan：禁止vi在搜索到达文件两端时，又从另一端开始

mesg：允许vi显示其他用户用write写到自己终端上的信息

末行模式命令：

：n1,n2 co n3：将n1行到n2行之间的内容拷贝到第n3行下

：n1,n2 m n3：将n1行到n2行之间的内容移至到第n3行下

：n1,n2 d ：将n1行到n2行之间的内容删除

：w ：保存当前文件

：e filename：打开文件filename进行编辑

：x：保存当前文件并退出

：q：退出vi

：q!：不保存文件并退出vi

：wq：保存并退出

：!command：执行shell命令command

：n1,n2 w!command：将文件中n1行至n2行的内容作为command的输入并执行之，若不指定n1，n2，则表示将整个文件内容作为command的输入

：r!command：将命令command的输出结果放到当前行

寄存器操作：

“?nyy：将当前行及其下n行的内容保存到寄存器？中，其中?为一个字母，n为一个数字

“?nyw：将当前行及其下n个字保存到寄存器？中，其中?为一个字母，n为一个数字

“?nyl：将当前行及其下n个字符保存到寄存器？中，其中?为一个字母，n为一个数字

“?p：取出寄存器？中的内容并将其放到光标位置处。这里？可以是一个字母，也可以是一个数字

ndd：将当前行及其下共n行文本删除，并将所删内容放到1号删除寄存器中。

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